A pecuária também desencadeia o assoreamento, fenômeno que consiste no acúmulo excessivo de sedimentos (como terra, areia e argila) no leito de rios, lagos e represas, acarretando uma série de consequências negativas para o meio ambiente e para a sociedade. O assoreamento pode acontecer de duas formas: naturalmente, quando chuvas fortes causam erosão, ou por interferência humana, principalmente através do desmatamento, garimpo e atividades agropecuárias.
O assoreamento associado à pecuária se dá de diversas formas. Uma delas é o número excessivo de animais em uma determinada área, que consomem a vegetação mais rapidamente do que sua capacidade de regeneração. Com menos plantas para proteger e fixar o solo com suas raízes, este fica exposto e vulnerável às intempéries. A água da chuva, em vez de ser absorvida, escorre pela superfície, carregando consigo partículas de terra. O pisoteio constante dos animais também é extremamente danoso. Os animais compactam o solo, diminuindo sua capacidade de absorver água.
Isso aumenta o escoamento superficial e, consequentemente, a erosão, podendo evoluir para estágios mais graves como as voçorocas, que canalizam grandes volumes de água e intensificam a remoção de solo.
Outro fator crucial é o desmatamento para a formação de pastagens. A remoção da vegetação nativa para dar lugar ao pasto elimina uma barreira natural contra a erosão. As árvores e arbustos, com seus sistemas radiculares profundos e copas que amortecem o impacto da chuva, são essenciais para manter o solo agregado e protegido. Sem essa proteção, as chuvas intensas lavam o solo desprotegido diretamente para os cursos d’água.
Uma vez que esses sedimentos chegam aos rios e lagos, eles se depositam no fundo. Com o tempo, o assoreamento provoca a redução da vazão de água, da profundidade e da capacidade de armazenamento desses corpos d’água, além de diminuir o fluxo nos aquíferos e a capacidade de armazenamento dos reservatórios. A água também se torna mais turva, dificultando a penetração da luz solar essencial para a vida aquática, o que prejudica peixes, algas e outros organismos. O leito dos rios pode se elevar, aumentando o risco de inundações em áreas próximas durante períodos chuvosos.
Um exemplo marcante dos impactos do assoreamento pode ser observado no Pantanal, onde o rio Taquari enfrenta o que é considerado atualmente o maior desastre ambiental do bioma. O problema é tão grave que, a partir de 2019, cerca de 150 quilômetros do rio foram tomados por areia, transformando o curso d’água em uma extensão desértica. Este processo tem sérias consequências para o ecossistema local, afetando não só a biodiversidade aquática, mas também impossibilitando a navegação e impactando diretamente as comunidades ribeirinhas que dependem do rio.