A produção de alimentos de origem animal não apenas remove espécies de seus ecossistemas, mas frequentemente aniquila fisicamente os habitats que as sustentam. Da pesca de arrasto à erradicação de manguezais para a construção de fazendas de camarão e à degradação de rios pela pecuária terrestre, a produção de animais para consumo deixa um rastro de habitats destruídos, transformando áreas de alta riqueza biológica em desertos.
A pesca de arrasto é uma das práticas mais destrutivas. Esta técnica industrial, que consiste em arrastar redes imensas e pesadas pelo leito oceânico, causa diversas consequências graves, especialmente o bycatch, que afeta severamente a biodiversidade marinha ao capturar espécies não-alvo como mamíferos marinhos, tartarugas, aves marinhas, tubarões e invertebrados. O impacto mais duradouro, porém, é a destruição física de habitats bentônicos. As redes de arrasto revolvem e destroem estruturas complexas, como recifes de coral de águas profundas e leitos de ervas marinhas, que servem como berçários, áreas de alimentação e refúgio para inúmeras espécies.
O resultado é a conversão desses ecossistemas em planícies de sedimento sem vida.
Em ecossistemas costeiros, a carcinicultura (criação de camarão) representa uma ameaça igualmente severa, especialmente para os manguezais. Esses ecossistemas, que funcionam como berçários para diversas espécies marinhas e protegem a costa da erosão, são sistematicamente destruídos para dar lugar a viveiros de camarão. No Brasil, que detém extensas áreas de manguezais, a situação é crítica. Estimativas do Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio) indicam que a carcinicultura é responsável pela destruição de 38% a 50% dos manguezais em escala global e que até 25% de todo o ecossistema de manguezal brasileiro pode já ter sido perdido, principalmente devido a essa atividade. Um estudo de caso no Rio Grande do Norte, por exemplo, documentou a perda de 25 hectares de mangue após a instalação de uma única fazenda de camarão. Apesar de os manguezais serem legalmente protegidos como Áreas de Preservação Permanente (APP), a expansão da carcinicultura continua, muitas vezes amparada por licenciamentos ambientais irregulares e gerando graves conflitos sociais e ambientais no Nordeste brasileiro.
Essas práticas de destruição de habitats impõem uma dupla penalidade climática. Ecossistemas como manguezais e os próprios sedimentos do fundo oceânico são imensos reservatórios de carbono, conhecidos como “carbono azul”. Quando são destruídos, seja para a carcinicultura ou pela passagem de redes de arrasto, não apenas se perde a capacidade desses ecossistemas de continuar sequestrando CO₂ da atmosfera, mas o carbono que estava estocado por séculos ou milênios é liberado. Estudos recentes quantificam que a perturbação dos sedimentos marinhos pela pesca de arrasto pode liberar na atmosfera até 370 milhões de toneladas de CO₂ por ano. Isso posiciona a destruição de habitats aquáticos não apenas como um aspecto da crise de biodiversidade, mas também da crise climática, transformando sumidouros vitais de carbono em novas e significativas fontes de emissão de gases de efeito estufa.